Phương pháp sản xuất thuốc trừ sâu Bt chủ yếu chia thành hai loại: lên men sâu dạng lỏng và lên men bán rắn. Phương pháp sản xuất hai-bước, một công nghệ sản xuất thuốc trừ sâu Bt hiệu quả, đơn giản và thiết thực được phát triển thông qua những cải tiến và đổi mới dựa trên phương pháp lên men bán rắn, có quy trình sản xuất đơn giản và có thể tăng hoặc giảm quy mô, khiến phương pháp này đặc biệt phù hợp để quảng cáo ở các doanh nghiệp vừa và nhỏ ở nông thôn. Nó có thể làm giảm đáng kể chi phí sản xuất thuốc trừ sâu và đóng vai trò tích cực trong việc phát triển thuốc trừ sâu vi sinh vật. Nó đặc biệt hiệu quả đối với các loài gây hại-ăn lá như sâu bướm bắp cải và sâu bướm kim cương. Việc kiểm soát sâu đục quả bông và sâu bướm thông cũng đang được quảng bá rộng rãi.
Trong ứng dụng đồng ruộng, để đảm bảo chất lượng thuốc trừ sâu phải đáp ứng điều kiện nhiệt độ cho vi khuẩn Bt phát triển nhanh; nhiệt độ càng cao thì khả năng gây bệnh càng mạnh. Nên tránh ánh nắng mạnh vì tia cực tím có thể làm hỏng vi khuẩn Bt. Tốt nhất nên phun thuốc trừ sâu sau 4 giờ chiều. Ngoài ra, phải chú ý đến tập tính sống và tính mẫn cảm của sâu bệnh mục tiêu, cây trồng ký chủ và điều kiện môi trường cũng như việc áp dụng các chất hiệp đồng. Ví dụ: để kiểm soát sâu đục thân, hãy phun thuốc trừ sâu 2{10}}3 lần trong thời kỳ trứng nở cao điểm, đặc biệt hiệu quả đối với sâu đục thân ngô. Một khi sâu đục thân đã chui vào thân cây thì việc kiểm soát sẽ kém hiệu quả hơn. Đối với sâu đục thân ngô, việc bón phân phải được kiểm soát chặt chẽ vào cuối giai đoạn gieo hạt để đạt kết quả tốt. Đối với sâu đục quả, phun 2{17}}3 ngày sau giai đoạn đẻ trứng cao điểm sẽ mang lại kết quả đáng kể. Nông dân địa phương có kinh nghiệm kiểm soát sâu bệnh bằng cách loại bỏ côn trùng và nhắm vào trứng chứ không phải ấu trùng. Bằng cách này, khi ấu trùng nở, chúng ăn thuốc trừ sâu ngay khi xuyên qua vỏ trứng và nhanh chóng chết vì ngộ độc. Tác dụng tồn dư của thuốc trừ sâu B2 thường kéo dài 7-10 ngày. Nếu sau khi phun mà trời mưa, nước mưa sẽ cuốn trôi thuốc trừ sâu, cần phải phun lại.
Các phương pháp ứng dụng bao gồm phun, quét bụi, phun xoáy và phun trên không. Bất kể phương pháp nào, hãy đảm bảo áp dụng đồng đều để đảm bảo rằng sâu bệnh có cơ hội kiếm ăn, từ đó đạt được hiệu quả tiêu diệt. Khi thuốc trừ sâu Bt được thêm vào một lượng nhỏ thuốc trừ sâu hóa học hoặc trộn với các loại thuốc trừ sâu vi sinh vật khác, chúng có thể đạt được tác dụng hiệp đồng, làm tăng đáng kể tỷ lệ tử vong của sâu bệnh. Thuốc trừ sâu sinh học được pha chế từ thuốc trừ sâu Bt và các tác nhân sinh học khác có phổ diệt côn trùng rộng hơn và được người tiêu dùng ưa chuộng.
